商品期货的标的是实物商品，虽然商品期货对应的价值区间可从商品出产成本、运输成本、资金成本、交割成本并结合供求关系加以确定，但因现货市场一般没有权威和唯一的现货价作为参考，且现货价存在信息滞后和真实性问题，因此，商品期货投入者困惑的是，应以那个地区的现货价作为解析基准价，才能更好地判断商品期货合理价格区间？商品期货价格理论上应是所有地区现货价的函数（尽管无法表达），但投入者难以考虑所有地区的现货价，因此，可能出现部分地区的现货价因局部因素的影响，相对期货价格的升贴水偏离了根据历史数据解析的合理区间，从而导致根据该地区现货价作为基准价的投入者做出错误判断。

而股指期货的标的物是唯一的，且透明、公开、准确，不存在滞后问题。股指期货价格可以根据理论公式算出，加上现货买卖便利，使股指期货相对商品期货而言市场效率更高。因此，股指期货期现套利不仅机会较少，而且套利空间也较小。而商品期货因为现货价格滞后和众多，以及现货买卖不便，期现套利机会相对较多，套利空间也较大，这是两者紧要区别点之一。由于投入者的组合资产不可能完全复制标的指数（因这将导致过大交易成本），因此，股指期货期现套利的紧要危机是现货组合资产相对标的指数β值的稳定性。如果一篮子股票在套利开始后相对沪深300指数的β值发生较大变化，将导致组合资产的β值发生较大变化，最终导致股指期货期现套利交易的失败（当然也可能获得意外收益）。

另一个区别点是两者套期保值盘信息价值的区别。商品期货套期保值盘是随机产生的，只要每天有出产经营行为，就可能产生套期保值盘，因此，商品期货套期保值盘的信息价值并不大。但股指期货套期保值盘具备较大信息价值，因为股指期货的套期保值盘不是随机产生的，机构投入者只有在行情发生趋势变化或出现重大利空时，才会实行套期保值。因此，股指期货套期保值盘具备趋势判断价值，跟踪股指期货套期保值盘的增减，将能够与机构“共舞”，在机构作出战略性仓位调整时及时出逃。